Pada
periode 1999-2001, semula KMM DIII FE UNS adalah badan semi otonom BPPI
FE UNS (Badan Pengkajian dan Pengamalan Islam), yang mengurusi kegiatan
keislaman di lingkungan DIII FE UNS. Kemudian karena berbagai hal, pada
tahun 1999 KMM DIII FE UNS melepaskan diri dari kesatuan BPPI FE UNS.
Kemudian oleh beberapa mahasiswa angkatan 1999 KMM DIII FE UNS resmi
didirikan secara mandiri dengan nama Keluarga Mahasiswa Muslim Diploma
III Fakultas Ekonomi UNS (KMM DIII FE UNS).
Dengan
lepasnya KMM dari kesatuan BPPI, tidak kemudian lepas pula hubungan
kelembagaan dengan BPPI. KMM mulai mengelola dan mengembangkan dakwahnya
secara mandiri. Pada Awal kepengurusan KMM, karena masih dalam masa
transisi, kondisi kelembagaan baik secara kuantitas maupun kualitas
masih tergolong kurang.